Spośród wszystkich powstających cząsteczek
PGAL (aldehyd 3-fosfoglicerynowy) podczas
fotosyntezy, aż 5/6 jest zużywanych w
regeneracji – trzeci etap
fazy ciemnej – do odtwarzania
akceptora CO
2. Pozostała część cząsteczek PGAL stanowi zysk procesu, którym można syntetyzować
glukozę, a następnie inne związki. Reakcje
katalizowane przez
aldolazę i
transketolazę są reakcjami odwracalnymi i mogą być wykorzystane w rozkładzie
heksoz, co ma miejsce w
cytozolu, gdzie zachodzi szereg reakcji odwrotnych w stosunku do fazy regeneracji. Cała faza ciemna jest cyklem biochemicznym, który zachodzi w
stromie chloroplastów oraz cytoplazmie niektórych bakterii, jest to drugi etap fotosyntezy. Jest procesem niezależnym bezpośrednio od światła.